Zgodnie z Zasadami finansowania POKL z dnia 30 grudnia 2009 r. harmonogram płatności w uzasadnionych przypadkach  może podlegać aktualizacji także poza wnioskiem o płatność, w szczególności w przypadku otrzymania transz dofinansowania z opóźnieniem uniemożliwiającym rozliczanie wydatków w projekcie w terminie lub na określone kwoty zgodne z obowiązującym Harmonogramem płatności. W takiej sytuacji, w celu uniknięcia konieczności naliczania odsetek zgodnie z art. 189 ust. 3  ustawy o finansach publicznych, Instytucja Pośrednicząca na prośbę beneficjenta dopuszcza możliwość wydłużenia okresu rozliczeniowego nie dłużej jednak niż o 14 dni kalendarzowych.

Wniosek o wydłużenie winien posiadać formę pisemną oraz być opatrzony stosownym uzasadnieniem beneficjenta. Rozpatrywane będą wyłącznie wnioski, które wpłyną do Instytucji Pośredniczącej najpóźniej w dniu zakończenia okresu rozliczeniowego, o wydłużenie którego wnioskuje beneficjent.