Zgodnie z zapisami w „ Wytycznych w zakresie kwalifikowalności wydatków w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Kujawsko-Pomorskiego na lata 2007-2013", beneficjent, który uzna VAT za wydatek kwalifikowalny, jest zobowiązany do przedstawienie we wniosku o dofinansowanie informacji, w której wskaże, iż realizując dany projekt w ramach RPO WK-P nie może odzyskać w żaden sposób poniesionego kosztu podatku VAT, w wysokości określonej we wniosku o dofinansowanie, podając przy tym podstawę prawną. Szczegółowe wskazówki dotyczące wypełnienia wniosku o dofinansowanie zostały umieszczone w Instrukcji do wypełnienia wniosku o dofinansowanie.

Jeśli podatek VAT zapłacony w związku z dokonaniem wydatku kwalifikowalnego może być częściowo odzyskany, to kwalifikowalna jest ta część podatku VAT, która nie może zostać odzyskana.

W związku z powyższym przy określaniu wydatków projektu, beneficjent, który ma możliwość odzyskania podatku VAT określa poniesione wydatki - netto, jeżeli nie ma możliwości odzyskania podatku VAT - brutto.